La inflamación puede localizarse en un punto preciso de la mucosa oral o afectar a esta última de forma generalizada y generalizada.
La estomatitis puede provocar diferentes síntomas, todos localizados en la cavidad bucal: hinchazón, enrojecimiento, úlceras bucales (aftas) y, en algunos casos, pérdida de sangre. Los signos de la estomatitis están asociados con una sensación de dolor, que generalmente se intensifica al comer, hablar o cepillarse los dientes.
En el caso de que la estomatitis se repita con cierta regularidad, es recomendable reflexionar sobre los posibles desencadenantes, que generalmente consisten en intolerancias alimentarias o alergias, deficiencias nutricionales (por ejemplo: deficiencia de hierro, ácido fólico, vitamina B3) o en condiciones de alto estrés.